一种暗挖排桩路基深层置换路基结构、方法与应用，包括整体整治工艺、正线整治工艺、带摩擦板路基段整治工艺，所述整体整治工艺采用纵向分步、横向间隔开挖柱列式排桩的方式置换路基填土，并对轨道结构进行高程与平面位置调整。本发明采用排桩支撑轨道结构的路基结构，通过钢筋混凝土排桩支撑轨道结构，可在确保轨道结构受力稳定及行车安全的前提下，彻底消除路基填料的沉降与膨胀变形，进而确保轨道结构的平顺性；本发明采用暗挖排桩深层置换路基的方法可在运营条件下，对正线及带摩擦板的轨道结构下部路基进行深层置换，置换过程中可以调整无砟轨道的几何状态，道岔区整治工艺根据底座板的宽度、轨旁设备情况的线路特征参考正线整治工艺及带摩擦板路。