本发明属于药物制剂领域，具体的涉及一种恩格列净二甲双胍缓释制剂及其制备方法，其中恩格列净微丸丸芯为速释部分，盐酸二甲双胍微丸丸芯为缓释部分，两部分丸芯分别进行隔离层包衣，再将两部分载药微丸混合填充至胶囊。本发明还公开了恩格列净二甲双胍缓释制剂的制备方法：①挤出滚圆工艺制成盐酸二甲双胍缓释丸芯；②挤出滚圆工艺制成恩格列净速释丸芯；③分别对两种载药丸芯进行隔离层包衣；④将两种载药微丸依照一定比例灌装胶囊。该制备工艺稳定性好，工艺简单，生产效率高，适合工业化大批量生产。