本发明涉及一种LVDS传输延迟窗口自动测试方法及系统，应用于服务器端，包括以下步骤：S11、获取LVDS数据线上自定义传输的初始值数据；S12、获取延迟值相对应的最终数据，通过与初始值数据进行比较，以获取最优延迟值；S13、接收最优延迟值，并切换到正常的LVDS传输模式。本发明通过获取LVDS的初始值数据，将延迟值对应的最终数据与初始值数据进行比较，得到最优的延迟值，在最优的延迟值情况下切换LVDS传输模式，实现LVDS数据正确接收。