本发明涉及以太网时钟同步技术领域，特别是涉及一种基于内生安全机制的精密时钟同步装置和方法，该装置采用纯硬件逻辑，包括主时钟和从时钟，主时钟与从时钟之间同步报文的交互在物理上使用同一个通道，即同步报文传输通道，主时钟包括：主时钟同步模块、加密发送模块，从时钟包括：从时钟同步模块、解密接收模块，所述加密发送模块接收主时钟同步模块发送的带有时间戳的同步报文，对该报文进行加密标识处理，后通过同步报文传输通道发送给解密接收模块进行解密裁决处理，后输出至从时钟同步模块计算时钟同步偏差和进行同步反馈，完成时钟同步。本发明能有效解决时钟同步系统中存在的安全隐患，提高时间敏感系统中时钟同步的安全性。