本发明公开了穿越复杂溶洞群隧道的综合排水系统，属于隧道排水技术领域，包括溶洞跨越段、下游加深仰拱段和上游加强排水段，下游加深仰拱段和上游加强排水段设置在溶洞跨越段的两侧，溶洞跨越段内设置有引水构造和导水构造，引水构造用于将溶洞内的水引流至导水构造，下游加深仰拱段设置有转换构造，上游加强排水段内设置有辅助构造，辅助构造用于将上游加强排水段的水排到溶洞跨越段内。本发明可应用大型复杂溶洞群中，通过引水构造、导水构造、转换构造及配套的辅助措施等，实现溶洞内水接入隧道内部排水系统排出洞外，同时考虑洞底返水涨水时的排水情况，避免洞底水流无法排泄，形成高水压，危害隧道结构安全。