本发明提供一种基于医学图像处理的层间插值方法及系统，方法使用生成式对抗网络将医学图像转换成连续二值图；基于自适应分离卷积网络对连续二值图插值进行处理生成中间二值图；使用生成式对抗网络将中间二值图映射回其对应的原图像。本发明解决了传统的自适应可分离卷积网络运行过程需要消耗大量计算能力和存储使用量的缺陷。本发明在图像转换模块生成网络中的解码阶段使用双线性上采样模块去除传统生成网络生成图像中的棋盘状伪影以实现医学图像和其相对应的二值图像之间的循环映射。在插值模块中使用专门应用于医学图像的损失函数替代传统的逐像素损失函数来保留生成图像的边缘以避免图像模糊,并进一步提高生成图像的质量。