本发明涉及一种2‑脱氧‑2,2‑二氟‑3,5‑二苯甲酰基‑D‑呋喃核糖的生物合成方法,属于药物中间体技术领域。为了解决合成路线长和污染大的问题，提供一种2‑脱氧‑2,2‑二氟‑3,5‑二苯甲酰基‑D‑呋喃核糖的生物合成方法，该方法包括在醇溶剂中，使式Ⅱ化合物2‑脱氧‑2,2‑二氟戊呋喃糖‑1‑酮‑3,5‑二安息香酸盐在催化量的CIR酶的催化作用下进行酶催化反应生成产物式Ⅰ化合物2‑脱氧‑2,2‑二氟‑3,5‑二苯甲酰基‑D‑呋喃核糖。本发明具有高产物收率和高纯度的优点，产物收率达到98％以上，纯度达到96％以上。环境污染少的优点。