本发明公开了一种MEMS芯片的低应力封装方法，属于微机械加工技术领域。该方法是将硅芯片和衬底硅片，依次进行化学液处理、热板烘干、等离子体处理、DIW清洗、硅片干燥、预键合、低温退火等工艺制作，实现MEMS硅芯片同质材料低应力封装。其中，化学液清洗主要是用SPM和RCA1溶液对硅片表面进行特定条件下的表面处理，使硅片具有亲水性并悬挂大量羟基；提出用O2和CF4混合气体等离子体激活芯片表面，且气流方向平行于硅片表面进行冲刷处理，增强了表面激活能，降低了粗糙度，形成易于消除界面空洞的多孔结构；DIW清洗及硅片干燥，使硅片表面脱水干燥且保持了适度的湿度，悬挂适于键合的烃基，形成良好的表面态；特定条件的预键合及分步退火，实现了满足MEMS芯片技术要求的低应力封装。