本发明公开了一种水溶性双靶向近红外荧光探针及其制备方法，属于近红外荧光探针领域。本发明的水溶性双靶向近红外荧光探针，以二苯乙烯为结构单元，修饰上具有拉电子能力的氰基，并在中心苯环两侧共轭链接具有推电子能力的吗啉基团，从而在荧光分子中形成A‑π‑D‑π‑A的结构，使分子具有明显的近红外荧光发射。本发明的近红外荧光探针，斯托克斯位移大、具有水溶性以及溶酶体和DNA双靶向性的特点，在生物成像和近红外荧光探针方面具有重要的应用前景。本发明的近红外荧光探针具有良好的水溶性，解决了绝大部分近红外分子疏水性的问题，可有效的保证探针在使用过程中的生物相容性及使用效果。