本发明提供一种灵活预留落地高层建筑的地铁车辆段结构的一期施工方法，包括如下步骤，步骤S1，施工若干所述建筑桩基和所述一期筏板；步骤S2，施工车辆段大库，施工所述大库柱、所述大库梁和所述一期盖板；步骤S3，施工挡土墙，所述挡土墙位于所述一期筏板的周边；步骤S4，施工后砌砖隔墙，所述后砌砖隔墙位于所述洞口周边，施工所述后砌砖隔墙的顶端至所述一期盖板的底端。该车辆段一期结构的一期施工方法为落地高层建筑户型后期可灵活调整的结构预留方案，能够在高层建筑的建筑户型不确定的情况下对车辆段大库进行建设，后期高层建筑的户型可灵活调整，受力体系明确，高层建筑高度不受转换结构的限制，可开发建造的建筑面积大幅提升。