本发明公开了一种北斗定位终端电磁兼容测试方法、系统、设备及存储介质，记录在不同等级电磁干扰的测试环境下，待测北斗定位终端的运行状态和输出的单点定位信息。记录不同等级电磁干扰结束后待测北斗定位终端的运行状态和输出的单点定位信息。根据电磁干扰的特点以及电磁干扰过程中和电磁干扰后记录得到的待测北斗定位终端的运行状态，以及输出单点定位信息的完整性、有效性、定位精度，依照设立的判定准则，通过分析和计算评测确定待测北斗定位终端的最高电磁抗扰等级，完成北斗定位终端电磁兼容测试，该方法、系统、设备及存储介质能够对北斗定位终端进行电磁兼容测试。