本发明提供了一种益生菌脂质体及其制备方法，所述益生菌脂质体包括益生菌和脂肪球膜磷脂脂质体，以脂肪球膜磷脂、胆固醇、吐温‑80和维生素E，和/或壳聚糖为制备脂质体的原料。制备时，首先将脂肪球膜磷脂、胆固醇、吐温‑80和维生素E混合，混合物在无水乙醇中充分溶解，利用真空旋转蒸发去除有机溶剂，再通过真空干燥获得磷脂薄膜；利用PBS磷酸缓冲液稀释益生菌浓缩液，而后与上述磷脂薄膜在超声的作用下水合，从而获得所述益生菌脂质体。本发明通过制备脂肪球膜磷脂脂质体包埋益生菌，增强了益生菌对胃环境的耐受性，使其得以顺利到达肠道，发挥其益生功能；利用壳聚糖包被所述益生菌脂质体，可防止磷脂被氧化，进一步增加脂质体的贮藏稳定性。