本发明公开了一种车载燃料电池系统及其控制方法和装置，包括：当接收到车辆启动信号时，获取第一燃料电池系统为车辆提供驱动力的第一历史时长，以及第二燃料电池系统为车辆提供驱动力的第二历史时长；根据第一历史时长和第二历史时长，确定历史时长差异值；当历史时长差异值大于预设阈值时，将第一燃料电池系统和第二燃料电池系统中为车辆提供驱动力的历史时长较短的燃料电池系统，作为车辆本次启动的主燃料电池系统，并将第一燃料电池系统和第二燃料电池系统中为车辆提供驱动力的历史时长较长的燃料电池系统，作为车辆本次启动的从燃料电池系统。本申请可以均衡第一燃料电池和第二燃料电池的使用寿命。