本发明公开了一种风电机组偏航停机控制方法及系统，方法包括：向偏航驱动器下发降低转速的指令，控制偏航电机降低转速至预定转速R1；提升偏航制动力矩；向偏航驱动器下发去使能的指令，控制偏航电机抱闸制动。系统包括：主控模块，用于向偏航驱动器下发降低转速的指令，控制偏航电机降低转速至预定转速R1；液压偏航制动模块，用于提升偏航制动力矩；去使能模块，用于向偏航驱动器下发去使能的指令，控制偏航电机抱闸制动。本发明能够保证在偏航液压制动模块压力上升至规定值之前，偏航电机仍然有足够的动力输出，让机舱不至于因为自身动力不足在大风速的情况下被外界风力推动而产生移位和超速的情况。