本发明涉及一种多种类制氢装置含氢尾气协同处理的方法和系统，该方法包括：S1：使天然气制氢解析气依次进行第一级CO2膜分离，得到第一渗余气和第一渗透气，使第一渗透气继续进行第二级CO2膜分离，得到CO2气体和第一尾气；S2：使重整解析气进行第一氢膜分离，得到H2产品和第二渗余气，使第一渗余气与第二渗余气混合后进入第二氢膜分离，得到富氢气体和第三渗余气；S3：使第三渗余气继续进行第三氢膜分离，得到燃气产品和第二渗透气。本发明的方法和系统通过特定工艺实现了各类制氢装置含氢尾气回收过程的协同处理，使得各股气流之间能够相互促进，共同提高了氢气产品纯度和回收率以及二氧化碳产品化率，同时使得燃气热值处于合理的热值区间。