本发明公开了一种甘蔗横向种植机的实时补种机构及其控制方法，补种机构包括：第一光电传感器，用于检测经过其下方的一级输送链的蔗槽内是否有蔗种；备种箱，其位于二级输送链的前上方；备种辊，其安装于备种箱的底部，备种辊上设有耙蔗槽；第三光电传感器，其安装于备种辊的外侧，用于检测经过其对应位置上的耙蔗槽内是否有蔗种；补种辊，其安装于备种辊和二级输送链之间，补种辊上设有补种槽；第四光电传感器，其安装于补种辊的外侧，用于检测经过其对应位置上的补种槽内是否有蔗种；以及控制器；还包括补种机构的控制方法。采用本发明实时补种机构及其控制方法，补种方式简单方便、反应迅速，能够避免出现漏补和漏种现象，提高甘蔗产量。