本发明属于生物技术领域，具体涉及一种耐热碱性果胶酶及其制备。本发明通过PCR获得来自枯草芽孢杆菌突变菌的耐热碱性果胶酶突变基因A‑2，并将A‑2构建到pPIC9质粒上，得到重组质粒pPIC9‑A‑2，并转化到毕赤酵母GS115，筛选得到高表达耐热碱性果胶酶的重组菌，其摇瓶发酵液碱性果胶酶酶活可达359U/mL，较原始碱性果胶酶提高200％。重组菌所表达的耐热碱性果胶酶在70℃条件下保温2h仍能维持80％的酶活性，在80℃时，仍保留70％以上的活性，耐热性良好。该酶可以广泛用于洗涤等行业。