本发明提供一种微型电机齿轮自动装配系统及其装配方法，该系统包括装配台，装配台上设有电机传送装置，电机传送装置上方设有底板，底板通过压装架与装配台连接，底板上侧设有转盘，转盘周向设有若干拨料槽，压装架上设有步进电机，转盘安装在步进电机的输出端，底板上设有与拨料槽对应的环槽，环槽内设有压装套筒，压装套筒设置在电机传送装置的正上方，压装套筒的正上方设有压装气缸，压装气缸固定在压装架上，底板上侧设有齿轮输送装置，齿轮输送装置的输送端设置在环槽一侧。该装配系统和装配方法能够实现电机齿轮的自动压装，提高压装效率。