一种岩溶隧道穿越高水位暗河施工方法，包括以下步骤：1）采用三级台阶分步法开挖隧道穿越暗河段落；2）施作穿越高水位暗河的呈桥梁型式上跨隧道的导水结构；3）对所述导水结构的进水口周围设置挡水墙，封堵暗河径流路径，将水引入挡水墙中预埋的导水管道；4）对所述导水结构出水口周围设置挡水墙，保证暗河管道内的水不回流至隧道范围内。本发明还提供一种岩溶隧道穿越高水位暗河施工的导水结构，将隧道施工中揭露暗河大流量地下水，以上跨隧道输导方式引入暗河下游，能够尽快恢复隧道施工，保护地下水环境并节约大流量地下水抽排费用。