本发明公开了一种富硒益生元的生产方法及其产品，方法包括如下步骤：S1、制备富硒马铃薯多糖以及富硒魔芋葡甘聚糖；S2、将所述富硒马铃薯多糖、富硒魔芋葡甘聚糖以及富硒玉米膳食纤维中分别进行球磨；S3、分别取所述富硒马铃薯多糖粉、富硒魔芋葡甘聚糖粉以及富硒玉米膳食纤维粉进行混合，并且酶解后保留固体残留物；S4、对所述固体残留物进行干燥后再进行微胶囊化包埋处理，以获得成品。本发明主要采用多种富硒原料，同时结合包括球磨、酶解以及微胶囊化在内的多种工艺处理步骤，使得原料内部富含的营养元素(包括硒元素)能充分释放，使其达到更好的调节肠道益生菌群的功效，且最后获得的产品营养丰富，产品稳定性及抗吸湿性良好。