本发明公开了一种自动化码头集装箱装卸系统及装卸方法，系统包括从海侧向陆侧布设的桥吊交互区、海侧水平运输设备运行区、集装箱堆场和陆侧水平运输设备运行区，将集装箱堆场划分为三个场区，相邻场区之间设置内水平运输设备车道和外水平运输设备车道，使得内外水平运输设备均可深入堆场作业，不存在车流交叉问题，且这种系统架构下，集装箱堆场的轨道吊只需根据作业需求在堆场各个贝位之间移动，省去了现有垂直布局下在两个端口交互时存在的轨道吊吊箱长距离移动大车的操作，提高了轨道吊的作业效率同时减小了其作业能耗。