本发明涉及分子标记引物及用于早期鉴定烟草品种种子来源的应用，分子标记引物为trnH1/psbA1；trnH2/psbA2；trnH3/psbA3；trnH4/psbA4；所述的分子标记引物在用于早期鉴定烟草品种种子来源的应用。本发明有益效果为，使用这4对引物的任意一对均能实现对目前现有烟草常规种子和不育系种子的区分和鉴定，即完成对其的分子标记，从而实现了对烟草种子的严格管控。使用本发明的方法可以凭借肉眼进行区分，从而实现对不育系烟草种的鉴定。