本申请涉及一种基于探测器通道的自动对焦方法和装置、设备及存储介质，其中方法包括：获取探测器各通道采集到的样品图像，并基于各通道采集到的样品图像由探测器的各通道中确定聚焦通道；采用爬山算法由聚焦通道中搜索出最清晰图像以得到相应的聚焦结果。通过获取探测器各通道采集到的样品图像，基于各通道采集到的样品图像由探测器的各通道中确定聚焦通道，然后再以所确定的聚焦通道为准，采用爬山算法由聚焦通道中搜索出最清晰图像以得到相应的聚焦结果。实现了能够通过选择不同通道的图像进行自动聚焦的目的，有效避免了单一通道图像在某一角度的焦平面仍旧扫描不到图像特征的情况，保证了聚焦结果的准确性。