本发明公开了一种码头桩基智能监控系统，包括MEMS传感器阵列、光纤光栅应变传感阵列、高精度激光仪、信号传输装置和上位机；分别在桩帽和岸边布设沉降监测点和两个激光水准点，并且所述沉降监测点和激光水准点上均设置所述高精度激光仪，激光水准点和沉降监测点相对应设置；在桩基上布设所述MEMS传感器阵列，在桩基荷载作用效应最大的位置及其对称位置分别布放光纤光栅应变传感阵列，清淤前，在靠近桩帽附近安装光纤光栅应变传感阵列，清淤后在靠近桩底附近安装光纤光栅应变传感器阵列，所述信号传输装置获取MEMS传感器阵列信号、高精度激光仪信号及光纤光栅应变传感阵列信号并将信号传输至上位机。