本发明涉及一种无人机集群协同搜索多运动目标的方法和系统，属于无人机技术领域，解决了现有方法由于场景复杂度的提升会导致航迹规划的计算量大幅增加，难以满足实时在线规划需求的问题。方法包括：在地面站手动输入任务参数并在地面站的实时地图上选择待搜索圆形区域的初始圆心位置；根据任务参数计算待搜索圆形区域的初始半径并将初始半径和初始圆心位置上传至多个无人机的信息处理模块；基于初始半径和初始圆心位置计算覆盖待搜索圆形区域的航迹；以及在飞行过程中交互飞行信息并根据飞行信息实时调整速度和方向并优化自身航迹以完成对待搜索圆形区域内的所有运动目标的搜索。满足搜索效率的同时，计算量小以满足实时在线规划需求。