本发明涉及一种基于参数在线辨识的变刚度补偿控制方法，包括建立单通道磁轴承刚度参数与温度关系模型，得到电流刚度和位移刚度受所述磁轴承变化的影响；在线辨识受温度影响的磁轴承线圈电阻值，得到辨识结果；基于所述电流刚度和位移刚度的变化和所述辨识结果，构建刚度补偿模型，得到PID控制器施加的补偿规律。本发明提出的基于在线辨识的变刚度补偿方法不仅可以实现磁悬浮转子的稳定悬浮，还能有效抑制磁悬浮电机变工况引起的时变温度情况下磁轴承转子系统的振动，提高了系统的可靠性，为高速高能量密度电机发热引起的磁轴承稳定控制问题提出了有效的解决方案。