本发明涉及轨道交通技术领域，特别是涉及一种全自动驾驶车辆基地生产运营智能管控方法及系统。方法包括以下步骤：S1，获取车辆的实时状态信息；S2，将监测信息输入到车辆故障信息分类诊断模型，输出故障等级；S3，当故障等级达到预设的阈值时，生成故障信息及其相应的故障处理派工单；S4，基于故障处理派工单对车辆检修作业的现场安全进行智能化管控；S5，故障处理完成后，生成列车的调车计划、收车计划或发车计划。本发明的方法和系统提高了全自动驾驶车辆基地施工维修、车辆检修、车辆运用等生产作业的信息化、自动化水平。