本发明提供了一种基于CPT原子钟的多系统间时间同步及对时方法及系统，其中方法包括：中心系统和各个分系统各自独立上电，其中，分系统为n个，每个分系统分别连接至中心系统，n为预设值，n≥1且为自然数；中心系统和各个分系统分别等待卫星授时成功，在原子钟稳定后完成驯服，进入守时状态，完成时间初同步；中心系统向各个分系统发送系统间对时指令，各个分系统按照时间差计算流程计算中心系统与各个分系统间的时差；各个分系统用计算出的时差对本系统时间进行修正，按照修正后的时间向中心系统上报时间系统，完成时间同步。