本申请涉及一种多相发电机的控制系统、方法及存储介质，该多相发电机的控制系统包括：多相发电机、N个三相整流单元、N个脉冲宽度调制PWM单元和N个PID控制单元，N为大于或等于1的整数；其中，多相发电机包括3*N个输出端，3*N个输出端中任意两个相邻输出端之间的相位差相等，3*N个输出端与N个三相整流单元的3*N个输入端连接；N个PID控制单元的输入端与N个三相整流单元的输出端连接；N个PID控制单元的输出端通过N个PWM控制单元与N个三相整流单元的反馈端连接。通过将多相发电机的多个输出端进行分组，再通过三相整流单元、PWM单元和PID控制单元对每组输出端输出的电压进行闭环控制，从而简化多相发电机的整体控制，提供多相发电机简化的控制效率。