本发明提供一种疏水两性聚丙烯酰胺絮凝剂的制备方法，属于水处理絮凝剂领域。所述方法包括以下工艺步骤：首先，将阴离子聚丙烯酰胺絮凝剂加入去离子水中，配置其水溶液。其次，向阴离子聚丙烯酰胺絮凝剂水溶液中加入甲醛，甲醛与阴离子聚丙烯酰胺发生羟甲基反应。再次，向溶液中加入疏水基团，疏水基团与其发生胺甲基反应。最后，向溶液中加入季胺化试剂，季胺化试剂与其发生季胺化反应后，溶液经无水乙醇、丙酮浸泡洗涤、烘干，得到疏水两性聚丙烯酰胺絮凝剂。本发明制备的疏水两性聚丙烯酰胺絮凝剂，相比阴离子聚丙烯酰胺絮凝剂，拥有更好的除油和除浊能力。