本发明公开了一株米根霉XERF‑1及其在减轻苹果连作障碍中的应用，属于农业微生物技术领域。所述米根霉XERF‑1的生物保藏号为：CGMCC No.15268，该菌株是一株内生菌，且对苹果连作障碍专化型层出镰孢菌MR5和多种病原菌均具有拮抗作用；在盆栽和大田试验条件下，把固体菌肥或液体菌肥施加到连作苹果园土壤中，均显示该菌肥能促进连作苹果树地上部及地下部的生长；显著降低土壤中除XERF‑1外其它真菌数量；提高苹果连作土壤中土壤酶活性、根系保护性酶活性和叶片光合参数；减少植物的氧化损伤；在减轻苹果连作障碍方面具有优异的效果，可用于苹果连作障碍的防治。