本发明公开了一种混凝土结构超深度后锚固施工方法，包括如下步骤：先利用水钻在混凝土结构表面钻孔，形成与混凝土结构表面垂直的水钻孔；再采用冲击钻沿水钻孔继续钻孔，形成冲击钻孔；接着采用水钻沿冲击钻孔继续钻孔，形成水钻孔；交替采用冲击钻、水钻钻孔若干次，且每次采用水钻钻孔的深度大于每次采用冲击钻钻孔的深度，直至深度达到设计的成孔深度，得到植筋孔；烘干并清理植筋孔；最后灌入植筋胶，将钢筋顺螺纹方向旋入植筋孔，固定钢筋，直至植筋胶固化。本发明提供的混凝土结构超深度后锚固施工方法，适用成孔深度较深的锚固施工，具有成孔垂直、效率高、植筋锚固效果好的优点。