本发明的目的在于提供可变增压比增压式电控共轨燃油喷射系统，包括共轨管、增压器、喷油器，共轨管分别连接油泵和增压器的入口，油泵连接油箱，增压器的出口连接喷油器的油道，喷油器的回油口连接油箱，共轨管还通过限压阀连接油箱；所述增压器包括增压器体、两位三通阀、三位四通阀，增压器体设置外增压活塞和内增压活塞，外增压活塞位于内增压活塞上部的外部，外增压活塞、内增压活塞、增压器体之间形成外控制室，内增压活塞中部与增压器体之间形成内控制室，内增压活塞底部的增压器体为增压室。本发明通过双阀协同控制增压，实现多种增压比的灵活切换，为系统喷油规律的调节模式提供更多选择，满足了柴油机不同工况下的喷射需求。