一种谐振器及其制备方法、滤波器，涉及谐振器技术领域。该制备方法包括：在第一衬底上依次形成压电层和第一电极层；在第一电极层上形成第一键合层；图形化第一键合层，以形成露出压电层的第一凹槽；形成填充第一凹槽的牺牲材料得到第一器件；在第二衬底上形成第二键合层；图形化第二键合层，以形成露出第二衬底的第二凹槽；形成填充第二凹槽的牺牲材料得到第二器件；键合第一器件的第一键合层和第二器件的第二键合层，并去除第一衬底；在压电层远离第一电极层的一面形成第二电极层得到第三器件；在第三器件上形成释放孔，通过释放孔释放牺牲材料以形成谐振器的空腔。该制备方法制备的谐振器的压电层为单晶材料，能够满足高性能器件的要求。