本申请提出一种海上风机导管架基础的设计方法及系统，所述方法包括：利用海上风机导管架基础设计的基本参数信息确定海上风机导管架基础结构的主尺度，根据所述海上风机导管架基础结构的主尺度在SACS软件中建立海上风机导管架基础初始有限元模型，对海上风机导管架基础初始有限元模型进行优化得到海上风机导管架基础有限元模型，按照优化后的海上风机导管架基础有限元模型设计海上风机导管架基础。本发明提供的技术方案，对海上风机导管架基础进行修正和优化，以最大程度满足海上风机导管架基础的安全性和经济性。