本发明属于化学制药工程领域，具体涉及一种用于富集制备莲碱的磁性纳米分离材料的制备及应用方法。莲碱是中药荷叶的指标性成分，生物活性强，分离制备困难。本发明制备的Fe3O4@CS‑PEGDGE磁性复合纳米材料，可用于富集制备莲碱。采用CS和PEGDGE修饰的磁性纳米粒子可调整孔径大小，并将莲碱富集在粒子表面，再采用磁性分离进行莲碱和基质的分离，该方法与传统分离莲碱方法相比具有实验操作简单，选择性高，易分离等优点。磁性纳米分离材料具有较大比表面积，作为莲碱富集的良好载体，莲碱富集率高，节省时间，提高分离纯度，利于高纯度莲碱的制备分离，有较好的应用前景。