本发明公开了高耐硒灵芝Ganoderma lucidum JNUSE‑200及其富硒发酵策略，属于生物技术领域。本发明提供的灵芝菌株Ganoderma lucidum JNUSE‑200已于2021年9月17日保藏于中国典型培养物保藏中心。硒耐受能力的提升对其富硒至关重要，而本发明的灵芝菌株Ganoderma lucidum JNUSE‑200在整个液体发酵生长周期中，均能稳定耐受200ppm亚硒酸钠，菌丝体生长正常，菌丝细胞没有出现凋亡，且没有出现刺激性难闻气味，菌丝体富硒总量可以达到2000mg/kg，因此本菌株具有很广泛的应用前景。