本发明提供了一种双链条不同步偏差自动检测系统及检测方法，其中前者包括控制器、增量型脉冲编码器、显示屏、多个节距组，各节距组均匀设在链条的延伸方向上，节距组包括第一节距、第二节距、连接第一节距与第二节距的摆杆，第一节距和第二节距分别设在两侧链条上且相对；设定一节距组为一号节距组，一号节距组的第一节距和第二节距上均设有具有检测头的初始检测支架，靠近两个链条的两墙板上均设有初始接近开关；摆杆的两端均设有检测特征点，两墙板上设有两个相对的检测接近开关；增量型脉冲编码器与驱动电机相对，初始接近开关、检测接近开关、增量型脉冲编码器、显示屏分别与控制器电连接。本发明能够自动检测出不同步偏差，提高了效率。