本发明公开了一种BNP重组蛋白及其制备方法和应用，该制备方法包括以下步骤：S1重组质粒、转化与培养：将具有SEQ ID NO：1所示的氨基酸序列对应的核苷酸序列的BNP重组质粒转化至BLR(DE3)菌，培养获得活化菌株，然后1:1000接种到LB培养基中，恒温振荡培养，进行摇瓶实验，诱导，离心得菌体；S2纯化：将所述步骤S1中离心得到的菌体沉淀进行细胞裂解，获得上清，His柱过柱纯化，260mM咪唑洗脱获得BNP重组蛋白。BNP重组质粒转化大肠杆菌，进行BNP重组蛋白的表达，获得BNP重组蛋白，与天然BNP蛋白相同的免疫原性，而且纯度高，有更好的稳定性，可代替天然BNP多肽，用作BNP免疫诊断试剂标准品和BNP检测试剂盒。