用于带电粒子系统中样品的3D图像的深度重建。用于使用切片和视图过程产生成像的3D样品的高分辨率重建的方法和系统，其中成像波束的电子相互作用深度大于切片厚度。用深度模糊减少算法增强通过此类切片和视图过程获得的数据，所述深度模糊减少算法配置成减少由分别由第一层和第二层外部的电子相互作用互产生的第一数据和第二数据的部分引起的深度模糊，以产生增强型第一数据和增强型第二数据。随后使用所述增强型第一数据和所述增强型第二数据产生所述样品的高分辨率3D重建。在一些实施例中，所述深度模糊减少算法可选自已针对某些显微镜条件、样品条件或其组合个别地配置的一组此类算法。