本发明公开了一种多波段协同检测低慢小飞行器的方法和系统，属于光电探测和人工智能技术领域，包括：对当前待检测区域分别在可见光、短波红外、中波红外和长波红外四个波段上采集图像帧；对所述四个波段采集的图像帧进行帧差检测和单帧检测，对得到的各波段帧差检测和单帧检测结果两两取交集，若所述两两取交集结果为空集，则切换到下一个待检测区域进行检测；反之，将所述两两取交集的结果加入到可疑目标集，并对可疑目标集中各可疑目标点进行判断，将满足判断标准的可疑目标点坐标输出，若接收到继续检测指令，则将伺服控制系统切换到下一个待检测区域进行检测，反之，则结束检测。本发明提高了低慢小飞行器检测的准确率，并降低了虚警率。