本发明属于变频器调制技术领域，具体涉及了一种超高速电机驱动变频器的调制电压重构方法、系统及设备，旨在解决现有技术无法在不增加硬件和变频器控制频率的基础上实现频率范围较宽的超高速电机驱动变频器的电压波形质量优化的问题。本发明包括：根据控制周期T进行变频器调制电压的计算，获得调制电压数据集；对于调制电压数据集中任意连续的两个离散数据点，通过曲线拟合进行数据重构，获得光滑的连续调制波；将光滑的连续调制波延后一个控制周期T后输出，作为重构的变频器调制电压。本发明可有效减小调制后变频器输出电压中的谐波分量，降低超高速电机定子电流谐波含量和推力脉动，提升超高速电机的驱动性能。