本发明属于量子导航定位技术领域，公开了一种星间测距系统、方法、设备及数据处理终端，所述星间测距系统包括：光子收发单元，用于产生纠缠光子对，向待测距卫星以及内部光路发射信号光子，并接收待测卫星以及内部光路反射回的信号光子；符合计数单元，用于将收到的信号光子与闲散光子进行关联，获得其二阶关联曲线；距离测算单元，用于对由于系统内外部光程差产生的两条二阶关联曲线进行DFT相位差加权处理，获得待测卫星到本系统的实际光程差。本发明通过采用光子匹配的方法对进入光子探测器的宇宙空间杂散光起到了较大程度的滤除作用，提高了信噪比。本发明采用改进符合计数算法，计算速率相比传统符合计数算法有了极大的提高。