本发明公开了一种马链球菌马亚种8种蛋白的重组融合蛋白及其制备方法和应用。所述的重组融合蛋白是由马链球菌马亚种的cne、eag、SclC、SclI、SclF、eq5、eq8和ideE 8种蛋白依次以蛋白接头Gly‑Gly‑Gly连接后得到。其中，优选的，所述的重组融合蛋白命名为SE8，其氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。实验证明，本发明制备的重组融合蛋白SE8具有良好的抗原性和免疫原性，免疫小鼠能够有效诱导机体产生高水平的特异性抗体，并对S.equi感染小鼠起到保护作用。此外，该重组融合蛋白是通过大肠杆菌纯化制得的菌体蛋白，不含其它成分，具有较高的安全性，避免了感染发病的现象。