本发明公开的一种基于低热输入的补焊系统及其工作方法，属于在役低合金耐热钢再制造技术领域。包括气动振动器、调节气压阀、空气压缩机、直流电焊机、电感器和开关；直流电焊机的正极与待补焊工件连接，电感器设在直流电焊机的正极与待补焊工件之间；直流电焊机的负极与开关连接，开关与气动振动器连接，气动振动器的振动头与焊条连接，气动振动器的进气口与调节气压阀连接，调节气压阀与空气压缩机连接。本发明采用高频电弧减小补焊热输入，能够有效避免热影响区组织的劣化、保障补焊部位的性能；不仅适用于低合金耐热钢的补焊，还可推广用于高强钢的补焊和金属薄板的焊接，具有良好的应用前景。