本发明提供了一种抗干扰的适用于海上确定海底钻头方位的方法和系统，涉及钻头定位技术领域，包括以下步骤：用两个普通传感器组成双磁源传感器，控制两传感器距离为L，并连接同步器；在地面上通过同步器控制双磁源传感器分别工作；利用N个接收机阵列排布；计算磁源与接收机的相对位置关系；通过接收机阵列移动进行双磁源定位，并计算出当前的偏航角；本发明利用两个普通传感器组成双磁源传感器并控制相互间的距离，通过同步器控制双磁源传感器分别工作，通过接收机阵列排布并移动进行双磁源定位，不需要大距离移动，接收机阵列只需移动双磁源传感器相互间的距离，就可以实现钻头方向定位，操作简单方便，而且形成数字化的数据，方便施工。