本发明提供了一种基于MMC的贯通柔性牵引变电所及其保护配置方法，属于牵引供电技术领域，该变电所包括降压牵引变压器、供电模式切换断路器QF1和QF2、三相‑单相MMC变流器、新能源发电系统以及连接变换器。本发明将模块化多电平变换器(MMC)应用于牵引供电系统，完全控制输出电压的幅值相位，取消电分相，实现牵引供电的贯通，并能够利用新能源，节约资源、节省电费。同时该保护配置方法根据柔性牵引变电所各个设备及线路可能出现的故障及故障特点，采用多级故障定位策略，及时判断故障发生点，并针对其配置适用的保护方法，能够保证柔性牵引变电所各个设备及线路故障时的快速可靠切除，实现柔性牵引变电所的安全可靠运行。