本发明公开了一种磁浮运行控制数字孪生系统，包括中央运控数字孪生系统、分区运控数字孪生系统、车载运控数字孪生系统、运控环境模拟系统、分析处理单元；其中，运控环境模拟系统包括牵引供电模拟系统、分区道岔模拟系统、车地通信模拟系统、测试定位模拟系统和磁浮模拟车辆；磁浮运行控制数字孪生系统支持三种工作模式：包括同步孪生模式、快速回溯模式和独立仿真模式。磁浮运行控制数字孪生系统满足磁浮运行控制系统运行指挥功能验证、安全防护功能验证、核心装备可靠性验证等多层次仿真测试需求，解决磁浮运行控制系统装备可靠性与运行控制功能的实验测试与仿真验证难题。