本发明公开了一种用于早产儿小肠结肠炎中粪便菌群的培养基及应用，属于微生物技术领域。该培养基含早产儿小肠结肠炎粪便菌群培养基的基本成分为酵母提取物、动物组织胃酶消化物、甘油、K2HPO4、甘露醇、氯化钠、乳糖、酚红、亮绿、琼脂、肉提取物、蛋白胨，选择性加入庆大霉素、氨苄青霉素。利用早产儿小肠结肠炎中粪便菌群培养基结合仿生胃肠道反应器粪便菌群进行分离和培养，由于其具有高度营养性能，支持非常多的苛养微生物生长，可以实现粪便微生物的高存活率可同时实现对有害菌群的识别与富集。