本发明提供一种小麦润麦期杀菌及灭酶的处理工艺，涉及面粉加工技术领域，具体包括：小麦原粮经过清理除杂、筛选、去石等工序，对原粮进行清理除杂；将臭氧发生器与润麦仓连通；将清理好的小麦置于已经通入臭氧的润麦仓中，控制环境温度为22‑27℃，并用生活饮用水调节小麦水分含量至14‑15％；整个润麦仓臭氧的浓度维持在80‑95mg/L，出仓后的小麦进行研磨之分，进行筛理，去除麸皮，收集面粉即可。本发明得到的面粉其细菌、霉菌致死率为95％以上，呕吐毒素量在润麦期未增加，且不会破坏面粉品质，甚至还有增白的功效。本发明设计合理，设备简单，生产效率高，杀菌、灭霉效果好，便于规模化生产和推广。